Петербургские ученые будут собирать геномы на средства фонда Цукерберга

Первая под названием «SPAdes» – собирает геном, например, вирусов, бактерий, грибов и даже целых микробных сообществ. Вторая – «QUAST» анализирует качество данных, которые используют для сборки, и оценивает конечный результат. Оба проекта работают на основе открытого исходного кода, то есть, пользоваться ими может любой ученый, причем бесплатно. Отсутствие коммерческого мотива создает барьеры для поиска инвестора. В то же время научные гранты даются на новые открытия и разработки, а не техподдержку уже существующих. В результате развитие происходит на голом энтузиазме, отмечают в вузе. Специфика гранта Цукерберга состоит в том, что фонд готов спонсировать социально-значимые программы с открытым кодом. О том, какие проблемы в области медицины позволяет решить сборка генома, и в чем сложность самого процесса, рассказывает заместитель директора Центра алгоритмической биотехнологии СПбГУ Алла Лапидус.

Разработки СПБГУ позволяют следить за мутациями, в том числе, ковида, оценивая, насколько вакцины чувствительны к конкретному штамму. Еще одна область применения – поиск новых антибиотиков. Проблема стала особенно актуальной во время пандемии, когда из-за их массового применения, микроорганизмы стали более устойчивыми к лекарствам.

Межгосударственные исследования геномов набирают обороты. Ранее Российские и американские учёные завершили сборку ДНК комаров, которые являются основными переносчиками малярии в африканских тропиках. Ожидается, что опыт позволит найти участки, отвечающие за связь с возбудителем болезни. В прошлом году исследователи из Франции и Америки получили Нобелевскую премию за редактирование генома, которое назвали «генетические ножницы», способные разрезать ДНК.